「闇の書事件」から10年後の新暦0075年。19歳になった高町なのは、フェイト・T・ハラオウン、八神はやての3人は、育まれた絆を胸に、それぞれの夢を追うべく時空管理局に所属。一流の魔導師として活躍していた。
自称・平凡な小学3年生高町なのはは言葉を話すフェレットが負傷し倒れているところを発見、保護する。フェレットの正体は異世界ミッドチルダからやってきた少年ユーノ・スクライアだった。彼がこの世界に来た理由。それは彼が発掘したロストロギア(異世界に存在した高度な魔法技術の遺産)「ジュエルシード」が散らばってしまったためであった。成り行きから事情を知ったなのはは、ユーノと共にジュエルシードを集め、封印することを決意した。